ค่าใช้จ่ายในการกำจัด วัชพืชในไร่มันสำปะหลัง อาจสูงกว่าร้อยละ 20 ของต้นทุนการผลิตทั้งหมดแต่ถ้าไม่มีการกำจัดวัชพืชเลยตลอดฤดูปลูก มันสำปะหลังจะให้ผลผลิตต่ำกว่าที่ควรได้รับมาก ดังนั้นจะเห็นได้ว่า วัชพืชเป็นปัญหาที่สำคัญในการปลูกมันสำปะหลัง การจัดการวัชพืชมีดังนี้
1. การป้องกันและกำจัดวัชพืชในช่วงการเตรียมดินก่อนปลูกมันสำปะหลัง สำหรับพื้นที่ปลูกบางแห่งที่มีวัชพืชประเภทข้ามปี เช่น หญ้าคา หญ้าแห้วหมู และหญ้าขจรจบดอกเหลือง บางพื้นที่อาจมีแต่วัชพืชประเภทล้มลุก เช่น พวกหญ้านกสีชมพู ผักเบี้ย หญ้าปากควาย และหญ้าตีนกา หรือบางพื้นที่มีวัชพืชทั้ง 2 ประเภท ส่วนของวัชพืชดังกล่าวที่เป็น ข้อ ปล้อง หัว เหง้า และไหลสามารถแตกตา และเจริญเติบโตเป็นต้นได้ง่ายและรวดเร็วยิ่งกว่าเกิดรากเมล็ด ดังนั้นจึงจำเป็นต้องไถพลิกดิน พรวนให้ส่วนของวัชพืชหลุดจากดิน ตากแดดให้เศษวัชพืชแห้งตาย แล้วไถกลบลงในดินให้ลึกพอที่จะไม่สามารถขึ้นมาได้ แต่การปฏิบัติที่กล่าวมาต้องใช้เวลา 7-14 วัน ประกอบกับปัญหาที่ฝนเริ่มตกชุกในช่วงต้นฤดูฝนจึงทำให้ต้องเร่งปลูก ดังนั้นการใช้สารกำจัดวัชพืชพวกพาราขวัท (อัตรา 0.8 กิโลกรัมต่อไร่) หรือไกลโฟเสท (อัตรา 0.36 กิโลกรัมต่อไร่) ฉีดพ่นให้วัชพืชแห้งตายก่อน แล้วจึงไถพรวนดิน นอกจากช่วยให้สามารถไถพรวนได้เร็ว ประหยัดเวลาแล้ว ยังลดอุปสรรคของการไถเนื่องจากไหลลื่น หรือลำต้นยาวของวัชพืชพันผาล ที่พรวนดินในขณะปฏิบัติงานอีกด้วย
2. ในช่วง 3-4 เดือนแรกของการเจริญเติบโตของมันสำปะหลังเป็นช่วงที่ควรให้ปลอดจากวัชพืช และในช่วงนี้วัชพืชจะทยอยงอกขึ้นมา เป็นรุ่น ๆ แบ่งออกได้เป็น 3 รุ่น คือ
วัชพืช รุ่นแรก เป็นวัชพืชประเภทใบแคบและใบกว้างเรียงลำดับตามปริมาณดังนี้ ประเภทใบแคบ ได้แก่ หญ้านกสีชมพู หญ้าดอกขาว หญ้าปากควาย และหญ้าตีนกา สำหรับพวกใบกว้าง เช่น ผักเบี้ยหิน ผักโขม และหญ้าเขมร วัชพืชเหล่านี้มีขนาดเมล็ดเล็กอยู่ใกล้พื้นผิวดิน เมื่อได้รับความชื้นเพียงเล็กน้อยก็สามารถขึ้นมาได้ก่อน ในบางพื้นที่ที่มีเหง้าวัชพืชสดขึ้นอยู่ก่อน ไถหรือเตรียมดินแล้วไม่ตาย ส่วนใหญ่เป็นพวกหญ้าดอกขาว หญ้าแห้วหมู หญ้าตีนติด และหญ้านกสีชมพู ข้อปล้องของวัชพืชเหล่านี้จะแตกตาขึ้นมาเป็นวัชพืชรุ่นแรกเช่นเดียวกับพวก ที่เกิดจากเมล็ดวัชพืชรุ่นที่ 2 จัดเป็นประเภทใบกว้าง พวกหญ้ายาง บานไม่รู้โรยป่า เถาจิงจ้อ หญ้าขจรจบ หญ้าแห้วหมู พวกนี้มีขนาดเมล็ดค่อนข้างใหญ่อยู่ลึกลงไปในดิน เกิดขึ้นหลังจากที่ทำรุ่นครั้งแรกเนื่องจากถูกไถพรวน หรือทำรุ่นรื้อเอาเมล็ดขึ้นมาอยู่บนชั้นดิน และงอกขึ้นได้
วัชพืช รุ่นที่ 2 ต้องการความชื้นในการงอกมากกว่ารุ่นที่ 1 หากทำรุ่น ครั้งที่ 1 ไปแล้วมีฝนตกชุก เศษวัชพืชของรุ่นแรกถูกกองไว้ในระหว่างแถวหรือตายกลบดินไว้ฟื้นขึ้นมา จะมีขนาดโตกว่า และกำจัดยากกว่าที่ได้ทำรุ่นไปครั้งแรก
วัชพืชรุ่น ที่ 3 ระยะนี้มันสำปะหลังมีพุ่มใบแล้ว แต่พุ่มใบยังไม่ชนกันจึงเป็นโอกาสให้วัชพืชงอกจากเมล็ดขึ้นมาอีกรุ่นหนึ่ง ซึ่งมีทั้งพวกใบแคบและใบกว้าง คือ หญ้านกสีชมพู หญ้าดอกขาว และบานไม่รู้โรยป่า หญ้าที่เกิดขึ้นมาในรุ่นสุดท้ายนี้การเจริญเติบโตจะน้อยกว่าในรุ่นที่หนึ่ง และสอง เพราะถูกบังด้วยพุ่มใบของมันสำปะหลังกล่าวได้ว่าวัชพืชที่สำคัญ คือ พวกที่เกิดในรุ่นแรกและรุ่นที่ 2 ซึ่งหากจัดการป้องกันและกำจัดไม่มีประสิทธิภาพก็จะกลายเป็นวัชพืชรุ่นถัดไป และล่วงเลยไปจนเป็นอุปสรรคของการเก็บเกี่ยวมันสำปะหลังในที่สุด
3. ระบบการจัดการวัชพืชในไร่มันสำปะหลังมี 4 ระบบได้แก่
ระบบที่ 1 วิธีเขตกรรมตามด้วย การฉีดพ่นสารกำจัดวัชพืชประเภทฆ่าวัชพืชคือทำการไถพรวน โดยใช้จอบหรือใช้รถไถเล็กเดินตามหรือแรงงานสัตว์เข้าไปกำจัดวัชพืชที่ขึ้นมา แล้วหลังจากนั้นรอ จนกระทั่งวัชพืชขึ้นมาใหม่อีกรุ่นหนึ่งจึงพ่นด้วยสารกำจัดวัชพืชประเภททำลาย โดยวิธีสัมผัส ทั้งนี้ต้องมีครอบกันละออง และมันสำปะหลังควรสูงประมาณ 70-80เซนติเมตร ระบบนี้เหมาะสำหรับการปลูกเมื่อมีฝนน้อยช่วงเดือนตุลาคม-มีนาคม
ระบบ ที่ 2 วิธีเขตกรรมตามด้วยการฉีดพ่นสารกำจัดวัชพืชประเภทคุมกับประเภทฆ่าวัชพืช ระบบที่ 2 นี้เหมือนกับระบบที่ 1 ในขั้นตอนที่ทำรุ่น 1-2 ครั้ง แล้วพ่นสารคุม วัชพืชชนิดเดียวหรือใช้ 2 ชนิดผสมกัน คือ ประเภทคุมและประเภทฆ่าวัชพืช ควรพ่นโดยมีครอบกันละอองและมันสำปะหลังควรสูงเกิน 70 เซนติเมตร ระบบที่ 2 นี้เหมาะสำหรับช่วงที่พ่นสารกำจัดวัชพืชมี
ฝนตกชุก
ระบบที่ 3 วิธีฉีดพ่นสารกำจัดวัชพืชประเภทคุมวัชพืช ตามด้วยวิธีเขตกรรม เป็นระบบที่เหมาะสมสำหรับ ช่วงการปลูกมันสำปะหลังมีฝนตก โดยพ่นสารคุมวัชพืชทันทีหลังปลูกมันสำปะหลัง จากนั้นเมื่อวัชพืชขึ้นมาแล้วให้ใช้วิธีกำจัดด้วยจอบเฉพาะจุด ในระบบนี้ควรปลูกด้วย ระยะต้นห่าง 0.50-0.80 เมตร
ระบบที่ 4 วิธีฉีดพ่นสารคุมวัชพืชหรือสารฆ่าวัชพืชเมื่อปลูกด้วยท่อนพันธุ์ยาว และใช้ระยะปลูกถี่ ใช้ท่อนพันธุ์มันสำปะหลังยาว 50 เซนติเมตร หลังจากที่มันสำปะหลังงอกขึ้นมาแล้วสูงเกิน 70 เซนติเมตร ฉีดพ่นด้วยสารกำจัดวัชพืชประเภทคุม หรือฆ่าวัชพืช อย่างใดอย่างหนึ่ง โดยต้องมีครอบกันละอองเนื่องจากสารกำจัดวัชพืชประเภทคุมวัชพืช สามารถควบคุมวัชพืชการงอกของวัชพืชได้ช่วงเวลาหนึ่งเมื่อหมดฤทธิ์แล้วพุ่มใบ ของมันสำปะหลังยังไม่ชนกันและมีวัชพืชขึ้นมาอีก ทำให้ต้องมีวิธีอื่นตามกำจัดวัชพืชในระยะหลัง ส่วนสารกำจัดวัชพืชประเภทฆ่าวัชพืช ไม่ว่าประเภทเลือกทำลายหรือไม่เลือกทำลายเฉพาะชนิดวัชพืช ไม่มีฤทธิ์ควบคุมการงอกของวัชพืช แต่มีผลทำลายเฉพาะวัชพืชที่ขึ้นมาแล้วเท่านั้น และพวกที่ไม่เลือกทำลายย่อมกระทบกระเทือนต่อมันสำปะหลังด้วย โดยเฉพาะเมื่อจะใช้ต้นไปปลูกขยายพันธุ์ ทุกครั้งที่ใช้ จึงเน้นถึงครอบกันละอองเพื่อลดความเสียหายจากการพ่น